| Colocação Nacional | Instituição | Ranking Global 2025 | Ranking Global 2024 | Pontuação |
| 1 | Universidade de São Paulo | 🔻 118 | 117 | 81,2 |
| 2 | Universidade Federal do Rio de Janeiro | 331 | 401 | 76,5 |
| 3 | Universidade de Campinas | 369 | 370 | 76 |
| 4 | Unviersidade Estadual de São Paulo | 🔻 454 | 437 | 74,9 |
| 5 | Universidade Federal do Rio Grande do Sul | 🔻 476 | 464 | 74,7 |
| 6 | Universidade Federal de Minas Gerais | 🔻 497 | 495 | 74,5 |
| 7 | Universidade Federal de São Paulo | 🔻 617 | 580 | 73,3 |
| 8 | Fundação Oswaldo Cruz | 🔻 668 | 654 | 72,9 |
| 9 | Universidade Federal de Santa Catarina | 🔻 727 | 722 | 72,4 |
| 10 | Universidade Federal do Paraná | 🔻 783 | 763 | 72 |
| 11 | Universidade de Brasília | 833 | 836 | 71,7 |
| 12 | Universidade do Estado do Rio de Janeiro | 🔻 870 | 857 | 71,4 |
| 13 | Fundação Getúlio Vargas | 🔻 880 | 846 | 71,4 |
| 14 | Universidade Federal de Pernambuco | 🔻 887 | 884 | 71,3 |
| 15 | Universidade Federal do Rio Grande do Norte | 🔻 951 | 949 | 70,9 |
| 16 | Universidade Federal do Ceará | 🔻 961 | 947 | 70,8 |
| 17 | Universidade Federal de São Carlos | 🔻 966 | 958 | 70,8 |
| 18 | Universidade Federal Fluminense | 🔻 982 | 967 | 70,7 |
| 19 | Universidade Federal de Viçosa | 🔻 984 | 965 | 70,7 |
| 20 | Universidade Federal de Pelotas | 🔻 986 | 961 | 70,7 |
| 21 | Universidade Federal da Bahia | 🔻 1024 | 998 | 70,5 |
| 22 | Universidade Federal de Santa Maria | 🔻 1031 | 1014 | 70,4 |
| 23 | Universidade Federal de Juiz de Fora | 🔻 1090 | 1071 | 70,1 |
| 24 | Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (CBPF) | 🔻 1099 | 1041 | 70,1 |
| 25 | Universidade Federal de Goiás | 🔻 1119 | 1085 | 69,9 |
| 26 | Universidade Federal do ABC | 🔻 1122 | 1074 | 69,9 |
| 27 | Universidade Federal da Paraíba | 🔻 1267 | 1227 | 69,2 |
| 28 | Universidade Federal do Espírito Santo | 🔻 1268 | 1209 | 69,2 |
| 29 | Universidade Federal de Lavras | 🔻 1284 | 1256 | 69,1 |
| 30 | Universidade Federal do Pará | 🔻 1288 | 1254 | 69,1 |
| 31 | Universidade Federal de Uberlândia | 🔻 1294 | 1260 | 69,1 |
| 32 | Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE) | 🔻 1330 | 1267 | 68,9 |
| 33 | Universidade Federal do Mato Grosso do Sul | 1367 | 1396 | 68,7 |
| 34 | Universidade Estadual de Maringá | 🔻 1368 | 1306 | 68,7 |
| 35 | Universidade Federal de São João del-Rei | 🔻 1385 | 1319 | 68,6 |
| 36 | Universidade Federal de Tecnologia do Paraná | 1455 | 1465 | 68,3 |
| 37 | Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul | 🔻 1506 | 1471 | 68,1 |
| 38 | Universidade Estadual de Londrina | 🔻 1526 | 1495 | 68 |
| 39 | Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) | 🔻 1558 | 1545 | 67,9 |
| 40 | Universidade Federal de Sergipe | 🔻 1584 | 1518 | 67,8 |
| 41 | Universidade Federal do Rio Grande | 1644 | 1677 | 67,5 |
| 42 | Universidade Federal Rural de Pernambuco | 🔻 1691 | 1628 | 67,4 |
| 43 | Universidade Federal de Mato Grosso | 🔻 1745 | 1708 | 67,1 |
| 44 | Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro | 🔻 1774 | 1717 | 67 |
| 45 | Pontifícia Universidade Católica do Paraná | 🔻 1785 | 1729 | 67 |
| 46 | Instituto de Matemática Pura e Aplicada (IMPA) | 🔻 1831 | 1686 | 66,8 |
| 47 | Universidade Federal do Triângulo Mineiro | 1836 | 1868 | 66,8 |
| 48 | Universidade Federal de Ouro Preto | 🔻 1911 | 1833 | 66,5 |
| 49 | Universidade Federal de Campina Grande | 🔻 1930 | 1922 | 66,5 |
| 50 | Universidade Federal de Alagoas | 🔻 1946 | 1864 | 66,4 |
| 51 | Universidade Federal do Piauí | 🔻 1950 | 1937 | 66,4 |
| 52 | Instituto Tecnológico de Aeronáutica | 🔻 1994 | 1828 | 66,2 |
| 53 | Universidade Federal do Amazonas | 🔻 1999 | 1985 | 66,2 |
46 universidades brasileiras caem em ranking das melhores do mundo por falta de investimento do governo; veja lista
